BUG - rfgd array must be allocated at rfgd(3,nfgd)! [SOLVED]
Posted: Thu Mar 04, 2021 11:21 am
I found a bug using the Ipnut file which I've attached below!
--- !BUG
src_file: m_paw_finegrid.F90
src_line: 131
mpi_rank: 0
message: |
rfgd array must be allocated at rfgd(3,nfgd)!
...
Action: contact ABINIT group (please attach the output of `abinit -b`)
---------------------------------------------------------------------------------------
#################################################################
# Input file for the positron tutorial #
# Positron lifetime calculation within PAW #
# #
# SrTiO3, 4 atoms in the box #
#################################################################
# Datasets definition
autoparal 1
positron -10 ! We perform automatic calculation of electrons and positron densities in the two-component DFT context
postoldfe 1d-5 ! We will repeat the electon and positron steps until the energy difference is lower than 1d-5
posnstep 20 ! Maximum number of electon and positron steps
ixcpositron 1 ! We are using the Boronski and Nieminen parametrization
# Common input parameters
! Unit cell
acell 3*11.715 angstrom
rprim 1.0 0.0 0.0
0.0 1.0 0.0
0.0 0.0 1.0
chkprim 0
natom 134
ntypat 3
typat 26*1 27*2 81*3
znucl 38 22 8
xred 0 0 0
0.3333333333 0 0
0.6666666667 0 0
0 0.3333333333 0
0.3333333333 0.3333333333 0
0.6666666667 0.3333333333 0
0 0.6666666667 0
0.3333333333 0.6666666667 0
0.6666666667 0.6666666667 0
0 0 0.3333333333
0.3333333333 0 0.3333333333
0.6666666667 0 0.3333333333
0 0.3333333333 0.3333333333
0.3333333333 0.3333333333 0.3333333333
0.6666666667 0.3333333333 0.3333333333
0 0.6666666667 0.3333333333
0.3333333333 0.6666666667 0.3333333333
0.6666666667 0.6666666667 0.3333333333
0 0 0.6666666667
0.3333333333 0 0.6666666667
0.6666666667 0 0.6666666667
0 0.3333333333 0.6666666667
0.3333333333 0.3333333333 0.6666666667
0.6666666667 0.3333333333 0.6666666667
0 0.6666666667 0.6666666667
0.3333333333 0.6666666667 0.6666666667
!0.6666666667 0.6666666667 0.6666666667
0.1666666667 0.1666666667 0.1666666667
0.5 0.1666666667 0.1666666667
0.8333333333 0.1666666667 0.1666666667
0.1666666667 0.5 0.1666666667
0.5 0.5 0.1666666667
0.8333333333 0.5 0.1666666667
0.1666666667 0.8333333333 0.1666666667
0.5 0.8333333333 0.1666666667
0.8333333333 0.8333333333 0.1666666667
0.1666666667 0.1666666667 0.5
0.5 0.1666666667 0.5
0.8333333333 0.1666666667 0.5
0.1666666667 0.5 0.5
0.5 0.5 0.5
0.8333333333 0.5 0.5
0.1666666667 0.8333333333 0.5
0.5 0.8333333333 0.5
0.8333333333 0.8333333333 0.5
0.1666666667 0.1666666667 0.8333333333
0.5 0.1666666667 0.8333333333
0.8333333333 0.1666666667 0.8333333333
0.1666666667 0.5 0.8333333333
0.5 0.5 0.8333333333
0.8333333333 0.5 0.8333333333
0.1666666667 0.8333333333 0.8333333333
0.5 0.8333333333 0.8333333333
0.8333333333 0.8333333333 0.8333333333
0 0.1666666667 0.1666666667
0.3333333333 0.1666666667 0.1666666667
0.6666666667 0.1666666667 0.1666666667
0 0.5 0.1666666667
0.3333333333 0.5 0.1666666667
0.6666666667 0.5 0.1666666667
0 0.8333333333 0.1666666667
0.3333333333 0.8333333333 0.1666666667
0.6666666667 0.8333333333 0.1666666667
0 0.1666666667 0.5
0.3333333333 0.1666666667 0.5
0.6666666667 0.1666666667 0.5
0 0.5 0.5
0.3333333333 0.5 0.5
0.6666666667 0.5 0.5
0 0.8333333333 0.5
0.3333333333 0.8333333333 0.5
0.6666666667 0.8333333333 0.5
0 0.1666666667 0.8333333333
0.3333333333 0.1666666667 0.8333333333
0.6666666667 0.1666666667 0.8333333333
0 0.5 0.8333333333
0.3333333333 0.5 0.8333333333
0.6666666667 0.5 0.8333333333
0 0.8333333333 0.8333333333
0.3333333333 0.8333333333 0.8333333333
0.6666666667 0.8333333333 0.8333333333
0.1666666667 0 0.1666666667
0.5 0 0.1666666667
0.8333333333 0 0.1666666667
0.1666666667 0.3333333333 0.1666666667
0.5 0.3333333333 0.1666666667
0.8333333333 0.3333333333 0.1666666667
0.1666666667 0.6666666667 0.1666666667
0.5 0.6666666667 0.1666666667
0.8333333333 0.6666666667 0.1666666667
0.1666666667 0 0.5
0.5 0 0.5
0.8333333333 0 0.5
0.1666666667 0.3333333333 0.5
0.5 0.3333333333 0.5
0.8333333333 0.3333333333 0.5
0.1666666667 0.6666666667 0.5
0.5 0.6666666667 0.5
0.8333333333 0.6666666667 0.5
0.1666666667 0 0.8333333333
0.5 0 0.8333333333
0.8333333333 0 0.8333333333
0.1666666667 0.3333333333 0.8333333333
0.5 0.3333333333 0.8333333333
0.8333333333 0.3333333333 0.8333333333
0.1666666667 0.6666666667 0.8333333333
0.5 0.6666666667 0.8333333333
0.8333333333 0.6666666667 0.8333333333
0.1666666667 0.1666666667 0
0.5 0.1666666667 0
0.8333333333 0.1666666667 0
0.1666666667 0.5 0
0.5 0.5 0
0.8333333333 0.5 0
0.1666666667 0.8333333333 0
0.5 0.8333333333 0
0.8333333333 0.8333333333 0
0.1666666667 0.1666666667 0.3333333333
0.5 0.1666666667 0.3333333333
0.8333333333 0.1666666667 0.3333333333
0.1666666667 0.5 0.3333333333
0.5 0.5 0.3333333333
0.8333333333 0.5 0.3333333333
0.1666666667 0.8333333333 0.3333333333
0.5 0.8333333333 0.3333333333
0.8333333333 0.8333333333 0.3333333333
0.1666666667 0.1666666667 0.6666666667
0.5 0.1666666667 0.6666666667
0.8333333333 0.1666666667 0.6666666667
0.1666666667 0.5 0.6666666667
0.5 0.5 0.6666666667
0.8333333333 0.5 0.6666666667
0.1666666667 0.8333333333 0.6666666667
0.5 0.8333333333 0.6666666667
0.8333333333 0.8333333333 0.6666666667
! K-points and occupations
kptopt 1
nkpt 1
occopt 1
nband 750
posocc 1 ! Occupation number for the positron (should be set <1 for bulk calculation with a small cell).
! Here the zero positron density limit is used, so results do not depend on posocc.
! Convergence parameters
ecut 15. pawecutdg 30.
iscf 17
nstep 50
toldfe 1.d-8
pawovlp -1
! Miscelaneous
prtwf 0 prteig 0 ! To save disk space
## After modifying the following section, one might need to regenerate the pickle database with runtests.py -r
#%%<BEGIN TEST_INFO>
#%% [setup]
#%% executable = abinit
#%% [files]
#%% files_to_test =
#%% tpositron_1.out, tolnlines= 0, tolabs= 0.0, tolrel= 0.0, fld_options= -easy
#%% psp_files = Si.LDA-PW-paw.abinit
#%% [paral_info]
#%% max_nprocs = 10
#%% [extra_info]
#%% authors = J. Wiktor
#%% keywords = POSITRON,PAW
#%% description = First step of the tutorial on electron-positron annihilation
#%%<END TEST_INFO>
--- !BUG
src_file: m_paw_finegrid.F90
src_line: 131
mpi_rank: 0
message: |
rfgd array must be allocated at rfgd(3,nfgd)!
...
Action: contact ABINIT group (please attach the output of `abinit -b`)
---------------------------------------------------------------------------------------
#################################################################
# Input file for the positron tutorial #
# Positron lifetime calculation within PAW #
# #
# SrTiO3, 4 atoms in the box #
#################################################################
# Datasets definition
autoparal 1
positron -10 ! We perform automatic calculation of electrons and positron densities in the two-component DFT context
postoldfe 1d-5 ! We will repeat the electon and positron steps until the energy difference is lower than 1d-5
posnstep 20 ! Maximum number of electon and positron steps
ixcpositron 1 ! We are using the Boronski and Nieminen parametrization
# Common input parameters
! Unit cell
acell 3*11.715 angstrom
rprim 1.0 0.0 0.0
0.0 1.0 0.0
0.0 0.0 1.0
chkprim 0
natom 134
ntypat 3
typat 26*1 27*2 81*3
znucl 38 22 8
xred 0 0 0
0.3333333333 0 0
0.6666666667 0 0
0 0.3333333333 0
0.3333333333 0.3333333333 0
0.6666666667 0.3333333333 0
0 0.6666666667 0
0.3333333333 0.6666666667 0
0.6666666667 0.6666666667 0
0 0 0.3333333333
0.3333333333 0 0.3333333333
0.6666666667 0 0.3333333333
0 0.3333333333 0.3333333333
0.3333333333 0.3333333333 0.3333333333
0.6666666667 0.3333333333 0.3333333333
0 0.6666666667 0.3333333333
0.3333333333 0.6666666667 0.3333333333
0.6666666667 0.6666666667 0.3333333333
0 0 0.6666666667
0.3333333333 0 0.6666666667
0.6666666667 0 0.6666666667
0 0.3333333333 0.6666666667
0.3333333333 0.3333333333 0.6666666667
0.6666666667 0.3333333333 0.6666666667
0 0.6666666667 0.6666666667
0.3333333333 0.6666666667 0.6666666667
!0.6666666667 0.6666666667 0.6666666667
0.1666666667 0.1666666667 0.1666666667
0.5 0.1666666667 0.1666666667
0.8333333333 0.1666666667 0.1666666667
0.1666666667 0.5 0.1666666667
0.5 0.5 0.1666666667
0.8333333333 0.5 0.1666666667
0.1666666667 0.8333333333 0.1666666667
0.5 0.8333333333 0.1666666667
0.8333333333 0.8333333333 0.1666666667
0.1666666667 0.1666666667 0.5
0.5 0.1666666667 0.5
0.8333333333 0.1666666667 0.5
0.1666666667 0.5 0.5
0.5 0.5 0.5
0.8333333333 0.5 0.5
0.1666666667 0.8333333333 0.5
0.5 0.8333333333 0.5
0.8333333333 0.8333333333 0.5
0.1666666667 0.1666666667 0.8333333333
0.5 0.1666666667 0.8333333333
0.8333333333 0.1666666667 0.8333333333
0.1666666667 0.5 0.8333333333
0.5 0.5 0.8333333333
0.8333333333 0.5 0.8333333333
0.1666666667 0.8333333333 0.8333333333
0.5 0.8333333333 0.8333333333
0.8333333333 0.8333333333 0.8333333333
0 0.1666666667 0.1666666667
0.3333333333 0.1666666667 0.1666666667
0.6666666667 0.1666666667 0.1666666667
0 0.5 0.1666666667
0.3333333333 0.5 0.1666666667
0.6666666667 0.5 0.1666666667
0 0.8333333333 0.1666666667
0.3333333333 0.8333333333 0.1666666667
0.6666666667 0.8333333333 0.1666666667
0 0.1666666667 0.5
0.3333333333 0.1666666667 0.5
0.6666666667 0.1666666667 0.5
0 0.5 0.5
0.3333333333 0.5 0.5
0.6666666667 0.5 0.5
0 0.8333333333 0.5
0.3333333333 0.8333333333 0.5
0.6666666667 0.8333333333 0.5
0 0.1666666667 0.8333333333
0.3333333333 0.1666666667 0.8333333333
0.6666666667 0.1666666667 0.8333333333
0 0.5 0.8333333333
0.3333333333 0.5 0.8333333333
0.6666666667 0.5 0.8333333333
0 0.8333333333 0.8333333333
0.3333333333 0.8333333333 0.8333333333
0.6666666667 0.8333333333 0.8333333333
0.1666666667 0 0.1666666667
0.5 0 0.1666666667
0.8333333333 0 0.1666666667
0.1666666667 0.3333333333 0.1666666667
0.5 0.3333333333 0.1666666667
0.8333333333 0.3333333333 0.1666666667
0.1666666667 0.6666666667 0.1666666667
0.5 0.6666666667 0.1666666667
0.8333333333 0.6666666667 0.1666666667
0.1666666667 0 0.5
0.5 0 0.5
0.8333333333 0 0.5
0.1666666667 0.3333333333 0.5
0.5 0.3333333333 0.5
0.8333333333 0.3333333333 0.5
0.1666666667 0.6666666667 0.5
0.5 0.6666666667 0.5
0.8333333333 0.6666666667 0.5
0.1666666667 0 0.8333333333
0.5 0 0.8333333333
0.8333333333 0 0.8333333333
0.1666666667 0.3333333333 0.8333333333
0.5 0.3333333333 0.8333333333
0.8333333333 0.3333333333 0.8333333333
0.1666666667 0.6666666667 0.8333333333
0.5 0.6666666667 0.8333333333
0.8333333333 0.6666666667 0.8333333333
0.1666666667 0.1666666667 0
0.5 0.1666666667 0
0.8333333333 0.1666666667 0
0.1666666667 0.5 0
0.5 0.5 0
0.8333333333 0.5 0
0.1666666667 0.8333333333 0
0.5 0.8333333333 0
0.8333333333 0.8333333333 0
0.1666666667 0.1666666667 0.3333333333
0.5 0.1666666667 0.3333333333
0.8333333333 0.1666666667 0.3333333333
0.1666666667 0.5 0.3333333333
0.5 0.5 0.3333333333
0.8333333333 0.5 0.3333333333
0.1666666667 0.8333333333 0.3333333333
0.5 0.8333333333 0.3333333333
0.8333333333 0.8333333333 0.3333333333
0.1666666667 0.1666666667 0.6666666667
0.5 0.1666666667 0.6666666667
0.8333333333 0.1666666667 0.6666666667
0.1666666667 0.5 0.6666666667
0.5 0.5 0.6666666667
0.8333333333 0.5 0.6666666667
0.1666666667 0.8333333333 0.6666666667
0.5 0.8333333333 0.6666666667
0.8333333333 0.8333333333 0.6666666667
! K-points and occupations
kptopt 1
nkpt 1
occopt 1
nband 750
posocc 1 ! Occupation number for the positron (should be set <1 for bulk calculation with a small cell).
! Here the zero positron density limit is used, so results do not depend on posocc.
! Convergence parameters
ecut 15. pawecutdg 30.
iscf 17
nstep 50
toldfe 1.d-8
pawovlp -1
! Miscelaneous
prtwf 0 prteig 0 ! To save disk space
## After modifying the following section, one might need to regenerate the pickle database with runtests.py -r
#%%<BEGIN TEST_INFO>
#%% [setup]
#%% executable = abinit
#%% [files]
#%% files_to_test =
#%% tpositron_1.out, tolnlines= 0, tolabs= 0.0, tolrel= 0.0, fld_options= -easy
#%% psp_files = Si.LDA-PW-paw.abinit
#%% [paral_info]
#%% max_nprocs = 10
#%% [extra_info]
#%% authors = J. Wiktor
#%% keywords = POSITRON,PAW
#%% description = First step of the tutorial on electron-positron annihilation
#%%<END TEST_INFO>